Al ser descubierta Leona buscó llegar a un campamento insurgente donde estaría a salvo. Se escondió en San Juanico, Tacuba, y mandó avisar a María de Sotomayor, su ama de llaves, quien también podría ser detenida, y a Rita Reyna, su cocinera. También la acompañaban sus dos lavanderas de apellido Fernández y Gertrudis, mamá de ambas. En San Juanico se escondió hasta el miércoles 3 de marzo, durmiendo en el suelo y mal comiendo. De ahí salió caminando rumbo a Huixquilucan, que estaba a 22 kilómetros. Atravesó durante 7 días lomas, ríos, montes y cerros. Llegando a Huixquilucan no encontró ayuda para trasladarse a Tlalpujahua donde estaba su novio con López Rayón. Había solicitado apoyo del insurgente Trejo quien de manera grosera se negó a llevarla puesto que no la conocía.
Leona estaba muy enferma del estómago y en muy malas condiciones, sin poder contactar quién la llevara lejos de ahí. Llegó un tío con el recado de que regresara al cobijo y protección de Agustín Pomposo bajo la amenaza de que, si no lo hacía, éste iba a denunciar a todas las personas que la visitaban en su casa. También le entregaron una carta del sacerdote José Manuel Sartorio, a quien Leona respetaba pues era partidario de la Independencia, en la que le decía que era más conveniente que se regresara. A pesar de que Leona le había mandado una carta a López Rayón sobre su situación y ubicación, éste se enteró tarde de que Leona estaba en Huixquilucan y cuando mandó 400 soldados a rescatarla, ella ya no estaba, iba de regreso a la capital.
Al llegar a su casa se llevó una amarga sorpresa. La encontró en total desorden, todas sus cosas revueltas tras un cateo minucioso. Todo eran destrozos. Las chapas rotas. Le faltaban libros y papeles. Entonces tuvo los más adversos presentimientos: no solo ella corría peligro, sino toda su red de contactos.
Su tío había conseguido la “gracia” del Virrey para que la perdonara, pero ella tenía que pedir sumisamente ese indulto, lo que jamás haría Leona que odiaba la traición. Se negó terminantemente a indultarse, sabiendo las consecuencias. A los dos días fue detenida y enviada al Convento de Belén, por intercesión de Pomposo quien no quería ver a su sobrina en una cárcel.
Estuvo presa durante 42 días. Su influyente tío no pudo evitar que las autoridades la procesaran. La Real Junta de Seguridad y Buen Orden le instruyó un proceso en el que fueron apareciendo los documentos que la inculparon, entre otros, los relativos a sus intentos de huida para pasarse al campo de los rebeldes; fue sometida a interrogatorio y se presentaron las pruebas que la inculpaban. A pesar de su delicada situación, de los interrogatorios y las amenazas, nunca delató a sus compañeros. La declararon culpable, la condenaron a prisión y le incautaron todos sus cuantiosos bienes.
En mayo de 1813, tres insurgentes disfrazados de oficiales virreinales la ayudaron a escapar: la escondieron en un almacén de granos, pues todas las garitas de la ciudad estaban vigiladas para evitar que saliera de la capital. Los periódicos armaron gran escándalo y tuvo que esperar hasta mediados de junio, cuando ya había bajado la vigilancia, para huir acompañada de arrieros que llevaban en sus burros frutas, legumbres y pulque, acompañados por un grupo de mujeres entre las que iba Leona, a quien habían vestido de harapos y pintado el rostro de negro. Así partió rumbo a Tlalpujahua, Michoacán, donde por fin pudo contraer matrimonio con su amado camarada: Andrés Quintana Roo.
Una vez en el campo de batalla, en medio de la lucha armada, luego de haber dejado atrás sus lujos y privilegios, se dispuso a luchar sin tregua, sin importar sacrificios, hasta lograr su máxima aspiración patriótica, la Independencia de México. La leona estaba ya combatiendo, no desde la retaguardia, sino en el mismo frente de batalla. Los numerosos peligros no la amilanaban. Librando obstáculos la página de su vida abría un nuevo y brillante capítulo.
Ya libre, Leona Vicario parte hacia Oaxaca, ciudad liberada por los Insurgentes en noviembre de 1812. Sale en medio de una recua de mulas, con el rostro embadurnado de oscuro para disimular su aspecto y comienza una larga travesía de retenes y grandes peligros. Siempre con el ánimo muy en alto por los servicios que iba a prestar a la Matria/Patria.
Llevaba los implementos para armar una imprenta: tinta y moldes. Era esencial contar con un periódico para informar y organizar a la población. Pasa por Río Frío para encaminarse a Puebla, rumbo a Tehuacán. Atraviesa llanos y montes bajo difíciles condiciones para por fin llegar a Oaxaca.
Los Insurgentes estaban en un campamento a las afueras de la ciudad, muy mal guarnecidos, faltos de alimentos y de cobijas. Apenas comían tortillas, frijoles y chile. Su precaria situación no los amedrentaba porque bajo la conducción del gran José María Morelos y Pavón, quien era como un rayo en medio del cielo obscuro, habían ido de victoria en victoria.
Ahí, llena de gozo, se encontró a su primo Manuel Fernández Salvador que ya era teniente coronel, acompañado por José Ignacio Aguado y de sus admirados amigos Carlos María Bustamante, José María Liceaga, el doctor Sixto Verduzco, Miguel Gallardo y otros. Leona se sentía entre los suyos. Había perdido todo, sus bienes y su familia, pero le quedaba la fe en la victoria. Por otro lado, Morelos la ayudó con algunos recursos que recibiría meses después.
En esas épocas Leona Vicario, la primera periodista de México, siempre atenta a la difusión de ideas, informaciones o análisis, colaboró con El Correo Americano del Sur y llegó a escribir para periódicos como El Ilustrador Americano, El Ilustrador Nacional y El Semanario Patriótico Americano. Su labor intelectual fue muy grande, así como su influencia ideológica, siempre disimulada porque en esa época la sociedad patriarcal excluía a las mujeres de todo protagonismo; sólo aparecían los hombres en roles centrales, por ejemplo los diputados del Congreso eran casi exclusivamente hombres, así como los dirigentes políticos y militares. Sin embargo, el papel de las mujeres fue fundamental en todo momento y muchas veces decisivo. En el caso de Leona, aunque Andrés compartía y enriquecía sus ideas, la más clara, consecuente, decidida, era ella, por lo que casi todo lo que hizo Andrés fue con el apoyo y la asesoría de su compañera.
La situación era complicada, los golpes eran constantes y duros, pero la lucha seguía. Fue ese mismo año, el 16 de abril, que, en la Batalla de Salvatierra, su queridísimo primo Manuel Fernández Salvador murió acribillado por defender valientemente el punto del obraje a pesar de estar en desventaja. Manuel murió como un héroe y su prima, conmocionada, juró ante su memoria dar su vida misma a la causa de la victoria de México, sin importar sacrificios.
Morelos luchaba por la Soberanía de México y siempre dio prioridad a la celebración de un Congreso que tomara las importantes decisiones pendientes para construir un nuevo país. Se convocó al Congreso del Anáhuac en Chilpancingo el 13 de septiembre de 1813, donde Morelos da a conocer su documento Sentimientos de la Nación.
Andrés Quintana Roo, que presidía el Congreso, y ella, participaron activamente en la elaboración de propuestas, discusión de ideas y en la redacción de los documentos.
Estuvieron presentes en todos los acontecimientos. Era un 5 de octubre cuando abolieron la esclavitud, concretando la proclamación de Hidalgo y el 6 de noviembre de 1813 los diputados del Congreso Constituyente firmaron solemnemente el Acta de la Independencia de la América Septentrional. Ese día Andrés y Leona contrajeron matrimonio ante el cura Sartorio en la Parroquia de Chilpancingo. La pareja no cabía en sí de gozo al unir sus vidas y al mismo tiempo participar en la culminación de su sueño, desconociendo ese mismo día el dominio español y de la Corona y declarando la República. Este rompimiento total con Fernando VII era un paso audaz e impensable para muchos en aquella época, incluso no era aprobado por algunos importantes insurgentes como Ignacio López Rayón quien ni siquiera se presentó al acto.
La participación de Leona en el Congreso, en la labor periodística, en la solución de innumerables problemas cotidianos y su absoluta entrega a la causa le valieron que el 22 de diciembre de 1813 el generalísimo José María Morelos y Pavón propusiera y obtuviera del Congreso el nombrarla Benemérita de la Patria. Ya antes, ese mismo año, en Tlalpujahua la habían nombrado: Infanta de la Nación Americana.
Pero pronto llegaron los reveses. La derrota en Valladolid el 23 de diciembre, la de Puruarán el 5 de enero de 1814, la muerte por fusilamiento de Mariano Matamoros el 3 de febrero, la traición de López Rayón y del secretario de confianza de José María Morelos, Juan Nepomuceno Rosains, quienes artera y vilmente promovieron la destitución de Morelos del Poder Ejecutivo y del mando militar, además de la pérdida de Oaxaca por López Rayón el 29 de marzo; colocaron al Congreso en una situación de extrema vulnerabilidad. Y con ellos a Leona y Andrés. En esos meses todos vivían a salto de mata y soportaron hambres, calores, escasez y una epidemia de peste. Se vivieron días angustiosos.
Entre 1814 y 1815 comenzó el peregrinar de los insurgentes: Tlacotepec, Las Ánimas, Ajuchitán, Uruapan, de donde huyeron a Tiripetío. Los realistas les pisaban los talones. En Las Ánimas perdieron el archivo y el sello del Congreso, institución de la cual Andrés fungía ya sea como presidente, ya como secretario y Leona siempre presente, ayudaba como escribana y contadora. Un golpe fatal sucedió el 27 de julio, cuando fue muerto Hermenegildo Galeana, quien junto a Matamoros era el principal sostén de Morelos. Cuando éste se enteró de la muerte de Gildo exclamó preso del dolor: “He perdido mis dos brazos”.