El 24 de mayo de 2019 Paulo Autuori presentó su renuncia a Atlético Nacional tras dirigirlo en 29 partidos. En ese entonces tomó la decisión de volver a Brasil. Allí dirigió a otros 2 equipos y ahora hace parte de uno que está en la semifinal de la Copa Sudamericana.
Fueron un par de experiencias muy diferentes. Tras salir del cuadro verdolaga se hizo cargo de Botafogo. Eso fue en febrero. Terminó yéndose en octubre tras 25 partidos: 6 victorias, 14 empates y 5 derrotas. Dejó al equipo con 5 puntos de 18 en el Brasileirao. Aun así, tras su salida se hizo cargo de otro equipo importante en Brasil: Athletico Parananese.
Primero asumió como Director Deportivo y al hacerlo le encargaron el equipo también, ya que el DT elegido, el portugués Antonio Oliveira, no cuenta con la acreditación necesaria para cumplir el rol en los partidos oficiales. Por eso se le ve al exentrenador de Atlético Nacional al frente de la escuadra. Así avanzó a octavos de final para enfrentar a América de Cali y posteriormente ante Liga de Quito en cuartos.
Ante el cuadro ecuatoriano nuevamente estuvo la dupla, pero Paulo Autuori fue expulsado. Ese partido lo ganó el equipo por 4-2 con goles de Christian Cardoso (2) y Bissoli (2). De esa forma logró la clasificación a la semifinal de la Copa Sudamericana en la que enfrentarán a Peñarol, equipo que cuenta con Pablo Ceppelini, otro hombre con paso reciente por Atlético Nacional. Los partidos serán el 22 y 29 de septiembre (primero en Uruguay).
Paulo Autuori va por el que sería su cuarto título internacional. Es un entrenador que ya ganó 2 veces la Copa Libertadores (1997 con Cruzeiro y 2005 con Sao Paulo) y un Mundial de Clubes (2005 con Sao Paulo).